植物所需的微量营养元素共有7种，即铁、硼、锰、铜、锌、钼和氯。它们的生理作用可归纳为以下几方面：
(1)某些酶的成分大多数微量营养元素都是某些酶的组成成分，如铁是细胞色素氧化酶，过氧化氢酶，过氧化物酶的成分；锰是某些脱氢酶、羧化酶、激酶、氧化酶的成分；铜是多种氧化酶的成分；锌是碳酸酐酶的成分；钼是硝酸还原酶的成分。
(2)参与体内碳氮代谢、微量营养元素积极参与植物体内碳水化合物和蛋白质的代谢作用。如硼能促进碳水化合物的运输，有利于蛋白质的合成，并能促进籽粒的受精作用；锰能促进氨基酸合成肽，有利于蛋白质合成，也能促进肽水解生成氨基酸，并运往新生的组织和器官；锌与碳水化合物的转化有关，也能促进蛋白质的合成；铜对氨基酸活化及蛋白质合成有促进作用；以及钼能促进豆科作物固氮。
(3)与叶绿素合成及稳定性有关 铁是合成叶绿素时所必需的。植物缺铁会导致叶绿体结构破坏；锰直接参与光合作用过程中水的光解；叶绿体中含有较多的铜，它不仅与叶绿素合成有关，而且能提高叶绿素稳定性，避免叶绿素过早地被破坏。
(4)参与体内的氧化还原反应 铁与有机化合物结合后，能提高其氧化还原能力，以调节体内氧化还原状况；铜是植物体内很多氧化酶的成分，它以酶的方式积极参与体内氧化还原反应；锰参与氧化还原反应，影响硝酸还原作用。
(5)促进生物固氮 钼能促进豆科作物固氮。豆科作物缺钼表现为根瘤发育不良，根瘤少且小，降低固氮能力。铜对共生固氮作用也有影响。当植物缺铜时，根瘤内的末端氧化酶酌活性降低，使固氮能力下降。
(6)促进生殖器官的发育 硼对作物生殖器官的发育有特殊的作用，它能刺激植物花粉的发育和花粉管的伸长，有利于受精。甘蓝型油菜的“花而不实”，棉花的“蕾而不花”，小麦的“穗而不实”，花生的“有壳无仁”以及果树的坐果率低、果实畸形都是缺硼的表现。
总之，尽管作物对微量营养元素的需要量很少，但它们所起的生理作用却很重要。目前全国缺乏微量元素的农田面积有逐年增加的趋势。但是微肥的合理施用尚未引起广大农民是足够的重视。从养分平衡施肥的角度来看，合理施用微肥将是进一步提高作物产量的重要措施。